补办林地审批手续不能代替处罚执行。

首先，根据《建设项目使用林地审核审批管理办法》（原国家林业局35号令）以及国家林草局印发的《建设项目使用林地审核审批管理规范》（林资规〔2021〕5号）的相关规定，建设项目在使用林地时，必须提供与建设项目有关的批准文件。若缺乏这些项目批准文件，是无法办理建设项目使用林地的手续的。

其次，对于已经违法占用林地的情况，林业部门会依法进行行政处罚，这可能包括罚款以及责令限期恢复植被和林业生产条件等措施。即使罚款已经交清，并且林业部门为某部分面积补办了手续，这并不意味着可以免除对其他未补办面积的恢复义务。林业部门仍然有责任继续督促恢复那些未补办手续的林地面积的植被和林业生产条件。

综上所述，补办林地审批手续和处罚执行是两个独立的程序，前者不能替代后者。对于违法占用林地的行为，必须依法接受处罚，并按照规定恢复植被和林业生产条件，而补办手续则是在满足相关法规要求的前提下，对合法使用林地进行的一种审批流程。