关于违法建筑办了营业执照后的处罚问题，这需要根据具体情况来进行分析和处理。

首先，我们要明确一点：营业执照的办理是基于经营场所的合法性以及经营活动的合规性。如果违法建筑是在取得营业执照之后才形成的，那么通常情况下，这不会直接影响营业执照的效力，您可以继续按照相关规定进行经营活动。但请注意，这并不意味着违法建筑本身不受法律制裁，相关部门仍可能对违法建筑进行查处和处罚。

其次，如果违法建筑在办理营业执照之前就已经存在，那么处理起来就会相对复杂一些。这时，我们需要根据违法建筑对经营活动的影响程度以及是否符合登记注册条件来进行判断。如果违法建筑并不影响您的经营活动，且您的经营场所符合其他登记注册条件（如消防、安全等要求），那么您仍然有可能正常办理营业执照。然而，如果违法建筑对经营活动产生了负面影响，比如不符合消防、安全等要求，那么登记机关可能会要求您进行整改，整改合格后才予以办理营业执照。

再者，如果违法建筑面临拆除等严重情况，那么您的营业执照可能会受到影响。在这种情况下，您需要及时了解相关情况，并根据实际情况做出相应的处理。如果因为违法建筑的拆除导致您的经营场所无法继续使用，您可以向登记机关申请办理变更登记，将经营场所变更至合法地址。如果无法继续经营，您可以依法申请注销营业执照。

综上所述，对于违法建筑办了营业执照后的处罚问题，并没有一个统一的答案。这需要根据具体情况来进行分析和处理。在处理过程中，建议您咨询相关部门或专业律师的意见，以确保您的经营活动合法合规进行。同时，也提醒您注意遵守相关法律法规和规定，避免因违法建筑而带来的不必要的法律风险和损失。