道路运输证未按照规定进行年度审验被罚款，不算重大隐患，但属于违法行为，需要承担相应的法律责任。下面我将从相关法规和责任两个方面进行详细解释：
相关法规：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》第三十条的规定，客运经营者、货运经营者应当加强对车辆的维护和检测，确保车辆符合国家规定的技术标准，并不得使用不符合国家规定的车辆从事道路运输经营。
- 《道路运输车辆技术管理规定》第四条也明确指出，道路运输经营者是道路运输车辆技术管理的责任主体，负责对道路运输车辆进行周期维护、定期检验检测等，以保证车辆符合技术要求。
- 《新疆维吾尔自治区道路运输条例》第三十五条第二款更是直接规定，从事道路运输经营的营运车辆应当按照规定参加车辆年度审验。
法律责任：
- 根据《中华人民共和国道路运输条例》第六十九条的规定，客运经营者、货运经营者不按规定维护和检测运输车辆的，由县级以上地方人民政府交通运输主管部门责令改正，并处以1000元以上5000元以下的罚款。
- 《道路运输车辆技术管理规定》第三十一条也规定，道路运输经营者未按照规定的周期和频次进行车辆检验检测或者未按规定维护道路运输车辆的，交通运输主管部门应当责令改正，并处以相同金额的罚款。
- 《新疆维吾尔自治区道路运输条例》第五十二条则对未按规定参加车辆年度审验的行为规定了具体的罚款金额，即由县级以上交通运输主管部门或者道路运输管理机构处五百元以上一千元以下罚款。
综上所述，道路运输证未按照规定进行年度审验虽然不算重大隐患，但确实违反了相关法律法规，并需要承担相应的法律责任。因此，建议道路运输经营者务必按时进行车辆年度审验，以确保车辆符合技术要求，避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。