在非婚生子女案件中，父亲不认的情况确实占多数，这主要源于对非婚生子女的身份质疑以及由此产生的抚养责任回避。针对这一问题，以下是我作为专业律师的详细解答：

一、法律原则

首先，根据《民法典》第一千零七十一条的规定，非婚生子女享有与婚生子女同等的权利，任何组织或者个人不得加以危害和歧视。不直接抚养非婚生子女的生父或者生母，应当负担未成年子女或者不能独立生活的成年子女的抚养费。

二、父亲不认的法律后果

1. 抚养费责任：如果父亲不认非婚生子女，但经过法律程序确认其父子（女）关系，父亲仍需承担抚养费责任。
2. 亲子关系确认：在诉讼过程中，如果父亲对孩子身份提出质疑，需要通过亲子鉴定等方式进行确认。如果拒绝进行亲子鉴定，法院可能会根据现有证据推定亲子关系存在。

三、应对策略

1. 收集证据：对于非婚生子女的母亲来说，收集与父亲的关系证据至关重要，如聊天记录、转账记录、共同生活的照片或视频等，这些都可能成为证明亲子关系的关键证据。
2. 提起诉讼：如果父亲不认非婚生子女，母亲可以代表子女提起诉讼，要求父亲支付抚养费。在诉讼过程中，需要充分举证证明亲子关系的存在。
3. 申请强制执行：如果法院判决父亲承担抚养费责任，但父亲仍不履行，母亲可以向法院申请强制执行，确保子女的合法权益得到保障。

四、实际案例

以北京市二中院审理的一起非婚生子女抚养纠纷案件为例，父亲陆某在初期否认与孩子存在亲子关系，并拒绝进行亲子鉴定。但经过法院审理和证据推定，最终确认陆某与孩子存在亲子关系，并判决陆某承担抚养费责任。这一案例说明，即使父亲不认非婚生子女，但通过法律程序仍可以维护子女的合法权益。

综上所述，非婚生子女案件中父亲不认的情况虽然常见，但并不意味着子女的合法权益无法得到保障。通过收集证据、提起诉讼和申请强制执行等法律手段，可以有效维护非婚生子女的合法权益。如果您在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。