有独立法人的公司违纪了，仍然属于总公司的属地管辖。以下是对此结论的详细解释：

1. 法人独立性与属地管辖：

   • 独立法人意味着该公司具有独立的民事权利能力和民事行为能力，能够独立承担民事责任。然而，这并不改变其与总公司之间的隶属关系，特别是在管理、监督以及某些法律责任的承担上。
   • 属地管辖原则是指根据地域来确定法律管辖权的归属。对于公司而言，其注册地或主要经营地通常被视为其“属地”，并据此确定相应的法律管辖。

2. 总公司与分公司的关系：

   • 分公司虽然具有独立法人资格，但在组织结构、经营决策等方面往往受到总公司的控制和指导。这种控制和指导关系在法律上并不因分公司的法人独立性而完全消失。
   • 总公司对于分公司的违纪行为，通常负有监督、管理的责任，并可能因此承担相应的法律后果。这种责任并不因分公司的法人独立性而免除。

3. 违纪行为的处理：

   • 当分公司发生违纪行为时，首先应由分公司自身承担相应的法律责任。但总公司也可能因对分公司的监督、管理不善而承担连带责任。
   • 在处理分公司违纪行为时，通常会考虑总公司的管理责任、分公司的独立法人地位以及违纪行为的具体情况等因素，来确定责任的承担方式和范围。

综上所述，有独立法人的公司违纪了，仍然属于总公司的属地管辖。这不仅是因为分公司与总公司之间的隶属关系和管理责任，还因为属地管辖原则在公司法律关系中的适用。因此，在处理此类问题时，应充分考虑总公司与分公司之间的法律关系以及违纪行为的具体情况。