在新机制下，存量项目一般不能再收特许经营权转让费。具体分析如下：

根据国家发展改革委发布的《关于进一步做好政府和社会资本合作新机制项目规范实施工作的通知》，路侧停车服务、垃圾清运服务等不涉及固定资产投资项目的经营权或收费权转让等，不得采取特许经营模式。该通知旨在严格落实防范化解地方政府隐性债务风险的要求，防止以盘活存量资产为名，将特许经营模式异化为地方政府、地方国有企业或平台公司变卖资产、变相融资的手段，并严禁在盘活存量资产过程中新增地方政府隐性债务等各类风险。

特许经营权原本是指政府根据公共事业、公共安全、社会福利的需要或法律的规定，授权企业生产某种特定的产品或使用公共财产或在某地区享有经营某种业务的独占权。然而，新机制下，对于不涉及固定资产投资项目的经营权或收费权转让，政府已明确不得采取特许经营模式，这意味着此类存量项目通常无法再收取特许经营权转让费。

因此，如果你所指的存量项目属于不涉及固定资产投资项目的经营权或收费权转让范畴，那么在新机制下，该项目一般不能再收取特许经营权转让费。如果项目具体情况特殊，或存在其他相关法律规定，建议进一步咨询相关部门或专业律师以获取更准确的法律意见。