房屋租赁合同无效但赔偿协议有效的情况下，法院会依据相关法律法规及具体情况进行判决。以下是详细分析：
一. 房屋租赁合同无效的情形
根据《最高人民法院关于审理城镇房屋租赁合同纠纷案件具体应用法律若干问题的解释》及相关法律规定，房屋租赁合同无效的情形主要包括：
出租人不具有出租房屋的实体权利：
- 例如，房屋所有权人出租房屋时，出租人是否与出租房屋产权证上的名称一致。
- 委托或代理出租时，是否经所有权人同意或授权。
- 共有房屋出租时，是否经其他共有人同意。
- 房屋转租时，是否经出租人同意。
房屋违法建设：
- 出租未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的房屋。
- 出租未经批准或未按批准内容建设的临时建筑。
租赁期限违反法律规定：
- 租赁期限超过二十年。
- 租赁期限超过临时城镇建筑的使用期限。
其他违法情形：
- 租赁的标的物为法律法规禁止出租的，如违法建筑、不符合安全标准的房屋等。
- 无民事行为能力人签订的房屋租赁合同无效。
- 当事人虚假的意思表示签订的房屋租赁合同无效。
- 当事人恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益签订的房屋租赁合同无效。
二. 赔偿协议的有效性
尽管房屋租赁合同无效，但赔偿协议作为双方就合同无效后果达成的合意，其有效性需单独判断。根据《民法典》第五百零七条和第五百六十七条，合同无效不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力，也不影响合同中结算和清理条款的效力。若赔偿协议符合双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，则通常认定为有效。
三. 法院判决原则
在房屋租赁合同无效但赔偿协议有效的情况下，法院通常会依据以下原则进行判决：
财产返还：
- 承租人应将租赁物返还给出租人。
- 出租人应退还承租人已支付的租金。
- 涉及房屋占有使用费、保证金或押金等，根据具体情况处理。
过错赔偿：
- 根据赔偿协议，过错方需赔偿无过错方因合同无效所遭受的损失。
- 若赔偿协议未明确，法院将根据双方过错程度判决赔偿比例。
装饰装修损失：
- 承租人未经出租人同意装饰装修或扩建的费用，由承租人自行承担。
- 经出租人同意的装饰装修，未形成附合的部分由承租人拆除，已形成附合的部分按双方过错分担现值损失。
其他费用：
- 搬家费、评估费、进场费等，根据具体情况和赔偿协议处理。
我建议：在房屋租赁合同无效但赔偿协议有效的情况下，双方应依据赔偿协议履行各自义务。如有争议，可向法院提起诉讼，法院将根据相关法律法规及具体情况进行判决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。