针对被申请破产的公司拒不提交资料的情况，我们可以采取一系列措施来应对这个问题。

首先，最直接且有效的方式是向法院提出申请。具体来说，可以请求法院对该企业发出强制性的财物交付指令或要求其提交相关账册。法院作为法律执行机构，有权力和能力对拒不配合的企业采取很多强制措施，像是冻结银行账户、查封财产等，从而迫使其履行法定的配合义务。

其次，对于拒绝提交资料的责任人，应当依法追究其法律责任。这不仅可以维护法律的权威性和公正性，还可以对其他人或企业产生警示作用，防止类似情况再次发生。可能的法律制裁包括但不限于罚款、拘留等，具体制裁措施将由法院根据案件的实际情况来决定。

同时，在破产清算过程中，破产管理机构也可以采取其他措施来尽可能地减少因资料缺失所带来的负面影响。比如，通过其他合法途径搜集与该企业相关的财务信息，以确保清算工作的顺利进行。这些途径可能包括查询公共记录、咨询相关知情人士等。

最后，需要强调的是，整个处理过程必须严格依照相关法律规定进行。无论是申请法院强制执行，还是追究责任人的法律责任，都需要确保程序的合法性和正当性。同时，也要根据每个案件的具体情况来制定针对性的处理方案，以达到最佳的处理效果。

总之，面对被申请破产的公司拒不提交资料的情况，我们应当积极采取措施，通过法律手段来维护破产程序的顺利进行，并依法追究相关责任人的法律责任。