关于附条件不起诉制度在基层存在的问题，我根据目前的实践情况和相关法律法规，总结出以下几点：

1. 适用率低：

   • 附条件不起诉制度在基层检察院的适用率普遍较低。这可能是由于检察机关对制度的理解不够深入，或者因为制度本身的适用条件相对严格，导致实际案件中符合条件的案件数量有限。

2. 适用程序繁琐：

   • 附条件不起诉的适用程序相对复杂。检察机关在作出决定前需要听取多方意见，包括公安机关、被害人、未成年犯罪嫌疑人及其法定代理人等，这增加了办案的时间和成本。同时，考察期间的规定以及考察期满后的处理也需要检察机关投入大量的人力物力。

3. 与相对不起诉重合：

   • 附条件不起诉与相对不起诉在适用上存在重合部分，但附条件不起诉的办案程序更为繁琐。在办案任务繁重的情况下，检察官可能更倾向于选择程序简便的相对不起诉或起诉方式，而不愿主动适用附条件不起诉。

4. 刑事和解难题：

   • 刑事和解是附条件不起诉的前提条件之一。然而，在实际操作中，被害人往往追求利益最大化，提出较高的赔偿要求，导致和解难以达成。有时即使达成和解协议，被害人也可能反悔，使得附条件不起诉工作陷入困境。

5. 考察评估缺乏具体规定：

   • 刑诉法既没有明确规定检察机关如何进行相应地考察，也没有明确的评估办法来指导办案实践。这容易导致同案不同果的情形发生，影响制度的公正性和权威性。

6. 缺乏完备的配套制度：

   • 附条件不起诉制度需要多部门配合支持，但目前缺乏完备的配套制度。例如，社会资源整合不畅通，很多企业不愿意接收涉罪未成年人进行劳动矫正，限制了附条件不起诉工作的开展。

针对以上问题，我建议从以下几个方面进行改进：

• 加强学习培训，提高检察机关对附条件不起诉制度的认识和运用能力。
• 简化适用程序，提高办案效率，降低办案成本。
• 明确附条件不起诉与相对不起诉的界限和适用条件，避免重合和混淆。
• 加强刑事和解工作，完善和解机制，提高和解成功率。
• 制定具体的考察评估办法和配套制度，确保制度的公正性和有效性。
• 加强与社会各界的合作与沟通，整合社会资源，共同支持附条件不起诉工作的开展。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。