在自然资源行政处罚案件中，若因案情复杂需要延长办案期限，证明案情复杂的理由应严谨、具体且符合相关法律法规的规定。以下是对如何证明确案情复杂理由的详细阐述：

1. 明确法律依据：首先，应明确延长办案期限的法律依据，如《行政处罚法》或其他相关自然资源法律法规中关于延长办案期限的具体规定。这确保了延长办案期限的合法性。

2. 详细阐述案情复杂性：

   • 案件事实复杂：描述案件涉及的事实多样、关系错综复杂，如涉及多个违法行为人、多个违法事实或违法行为跨越较长时间段等。
   • 证据收集难度大：说明案件证据分布广泛、收集难度大，如需要跨地区、跨部门调取证据，或者证据易于灭失、被篡改等。
   • 法律适用疑难：阐述案件涉及的法律问题新颖、复杂，如法律条款存在歧义、不同法律之间存在冲突或案件涉及的法律问题尚未有明确的司法解释等。

3. 提供相应证据材料：为了支持案情复杂的陈述，应提供相关的证据材料，如案件调查报告、证据清单、专家意见等。这些材料应能够客观、真实地反映案件的复杂性和延长办案期限的必要性。

4. 说明延长办案期限的具体理由和期限：在明确案情复杂性的基础上，应具体说明延长办案期限的理由，如需要进一步调查取证、进行法律研究或与其他部门协调等，并明确延长的具体期限。

5. 履行审批程序：根据相关法律法规的规定，延长办案期限通常需要经过一定的审批程序。因此，应确保在提出延长办案期限申请前，已经按照规定的程序履行了审批手续。

综上所述，证明自然资源行政处罚案件案情复杂的理由应围绕案件事实、证据收集、法律适用等方面展开，并提供相应的证据材料和说明延长办案期限的具体理由和期限。同时，应确保延长办案期限的申请符合相关法律法规的规定，并已经履行了必要的审批程序。