当申请执行人发现被执行人已被注销时，执行程序确实会面临一些特殊的挑战。不过，法律对此类情况也有相应的规定和处理方式。以下是根据您提供的信息以及一般法律常识，为您详细解析这一问题的处理方式：

首先，要明确的是，即使被执行人已被注销，其法律上的债务并不因此而自动消失。因此，申请执行人仍有权追讨相关债务。

具体来说，如果被执行人作为法人已被工商部门注销或其营业执照被吊销，执行程序可以按照以下步骤进行：

1. 核查被执行人财产状况：

   • 申请执行人应首先通过合法途径（如法院查询、聘请律师调查等）核查被执行人的财产状况，包括其是否有可供执行的财产，以及这些财产是否已被其他债权人查封或冻结。

2. 申请追加被执行人：

   • 如果发现被执行人的上级主管部门或开办单位在被执行人注销后无偿接受了其财产，导致被执行人无遗留财产或遗留财产不足清偿债务，申请执行人可以根据最高人民法院《关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)》的相关规定，向法院申请追加被执行人的上级主管部门或开办单位为被执行人。
   • 法院在审查后，如果认为申请有理有据，可以裁定由上级主管部门或开办单位在所接受的财产范围内承担责任。

3. 继续执行程序：

   • 在成功追加被执行人后，申请执行人可以按照正常的执行程序继续追讨债务，包括申请法院冻结银行账户、查封财产等强制措施。

4. 注意法律时效：

   • 申请执行人在整个过程中应注意法律时效问题，确保在法定期限内提出相关申请和诉讼，以免因超过时效而丧失权利。

综上所述，即使被执行人被注销，申请执行人仍有机会通过法律途径追讨债务。关键在于及时核查被执行人财产状况、申请追加被执行人，并继续按照执行程序进行操作。同时，也要注意法律时效问题，确保自身权益得到有效保护。