农村信用社贷款利息没有扣款成功但手动还款成功，通常不算逾期。这一结论基于以下几个方面的考量：
一. 还款时间点与逾期定义
还款日与逾期：逾期是指借款人在约定的还款期限内未能按时偿还贷款本息。如果手动还款是在还款日当天或之前完成的，那么通常不会被视为逾期。
宽限期：一些银行或金融机构可能会提供宽限期，允许借款人在还款日后的短时间内进行还款而不被视为逾期。如果农村信用社有这样的规定，并且在宽限期内手动还款成功，那么也不算逾期。
二. 合同条款与实际操作
合同条款：贷款合同中通常会明确约定还款日期、还款方式以及逾期还款的相关责任。如果合同中没有明确规定利息未按时扣除即构成逾期，或者合同规定了自动扣款失败后的补救措施和宽限期，那么按照合同约定进行操作即可。
银行实际操作：银行在实际操作中也会有一定的灵活性和容错机制。一般来说，银行会在扣款失败后的一段时间内尝试再次扣款，或者通过短信、电话等方式提醒借款人尽快还款。如果在这段时间内借款人能够手动还款成功，银行通常不会将其视为逾期。
三. 法律法规的考虑
借款人义务：根据《中华人民共和国民法典》第六百七十五条的规定，借款人应当按照约定的期限返还借款。然而，如果因为客观原因（如银行系统故障、网络问题等）导致自动扣款失败，并且借款人能够在合理时间内手动还款成功，那么根据民法典的公平原则和诚实信用原则，这种情况通常不会被视为逾期。
银行责任：如果是因为银行内部管理问题或操作失误导致利息未扣除，那么银行应承担相应的责任，并且借款人在此情况下的手动还款通常不会被视为逾期。
综上所述，农村信用社贷款利息没有扣款成功但手动还款成功，通常不算逾期。然而，为了避免不必要的纠纷和损失，我建议借款人在遇到扣款失败的情况时及时与相关机构沟通并采取有效的解决措施，以确保按时还款并维护自己的信用记录。如有进一步需要，您可以继续咨询我。