股权转让协议并不强制要求公证，公证并不是股权转让协议生效的法定条件。但是，公证可以为协议提供更强的证明力，预防可能出现的纠纷，因为公证机关会对协议的真实性、合法性等方面进行审查。

在以下情况下，可能会选择进行公证来防范风险：

1. 转让双方对有关事项存在疑虑，如转让比例、转让出资时限等；
2. 当事人一方不能亲自到场签约，而是委托他人代办；
3. 双方认为有必要进行公证；
4. 立据公证用于其他特定用途。

如果股权转让协议未经公证，但满足法律规定的形式要件，如双方签字盖章，并且内容没有违反法律法规的强制性规定，那么该协议仍然是有效的。然而，在一些特殊情况下，如涉及到国有企业的股权转让等，可能需要经过特定的部门审批或公证等程序。

总的来说，是否对股权转让协议进行公证，完全由双方根据实际情况来协商决定。如果双方对协议的合法性、真实性等方面有充分信心，并且没有其他特殊需求，那么不进行公证也是可以的。但如果希望增强协议的证明力，或者希望预防可能出现的纠纷，那么选择进行公证会是一个明智的选择。