新车两年免检逾期，保险公司是否会赔偿，需根据具体情况分析。

1. 保险合同约定：首先，要查看你的保险合同中是否有关于车辆检验的特别约定。如果保险合同中明确规定了车辆必须按时进行检验，否则保险公司将不承担赔偿责任，那么逾期未检导致的损失，保险公司很可能会拒赔。

2. 法律法规规定：其次，要关注相关法律法规是否有规定新车两年免检逾期会影响保险赔偿。一般而言，法律法规不会直接规定保险公司是否赔偿，但会规定车辆检验的相关要求。如果逾期未检违反了法律法规的强制性规定，且该规定与保险事故的发生有因果关系，保险公司也可能会以此为由拒赔。

3. 保险事故性质：另外，保险事故的发生是否与车辆未按时检验有直接关系也是决定保险公司是否赔偿的重要因素。如果保险事故的发生与车辆未按时检验无关，比如是因为交通事故、自然灾害等其他原因导致的损失，那么保险公司通常应该按照保险合同的约定进行赔偿。

4. 保险公司态度：最后，不同保险公司对于新车两年免检逾期的态度也可能不同。有些保险公司可能会比较宽松，只要车辆没有其他明显的违规行为，仍然会给予赔偿；而有些保险公司则可能会严格遵守合同约定和法律法规，对于逾期未检的车辆拒绝赔偿。

因此，在新车两年免检逾期的情况下，保险公司是否会赔偿并没有一个统一的答案。建议你仔细查看保险合同条款，了解相关法律法规，并咨询保险公司的具体意见。如果遇到纠纷，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。