关于第三方给企业办理排污登记是否合法的问题，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，需要明确的是，排污许可登记是企事业单位的法定义务，且全程免费。生态环境部门从未授权或委托任何第三方机构或个人有偿代办排污许可登记手续，也未开发任何收费的微信程序或平台。因此，任何以生态环境部门名义或自称“指定服务机构”等，通过电话、微信等方式联系企业或个体工商户，声称可以代为办理排污许可登记并收取费用的行为，都是不合法的，甚至可能构成诈骗。

其次，排污许可的办理过程并不复杂，企事业单位完全可以通过全国排污许可证管理信息平台（网址为：http://permit.mee.gov.cn）自行填报、提交登记信息，无需借助任何中介服务。这一平台提供了便捷的在线申报渠道，使得排污许可的办理变得更加高效和透明。

此外，对于不法分子假借生态环境部门名义实施诈骗的行为，生态环境部门已经多次发出警告，并提醒广大企事业单位提高警惕。如果遇到类似情况，应立即向当地生态环境部门或公安机关举报，以维护自己的合法权益和正常的政务服务秩序。

综上所述，第三方给企业办理排污登记并收取费用的行为是不合法的。企事业单位应依法依规通过官方渠道自行办理排污许可登记手续，避免上当受骗。同时，也建议广大企事业单位加强内部管理和员工培训，提高防范意识，共同维护良好的营商环境。