合同转让协议书的办理部门通常取决于合同的具体类型和转让的内容。如果您提到的是房地产开发项目转让合同，那么根据相关规定，这类合同转让后需要到房地产开发主管部门进行备案。

具体来说，转让人和受让人在土地使用权变更登记手续办理完毕之日起30日内，需要持房地产开发项目转让合同到当地的房地产开发主管部门进行备案。这一规定是基于《城市房地产开发经营管理条例》（国务院令第248号，根据国务院令〔2018〕698号修订）的第二十一条。

以盐城市亭湖区为例，办理地点位于江苏省盐城市亭湖区希望大道18号亭湖区政务服务中心二楼的相关综合窗口。而资兴市的办理地点则是在资兴市阳安西路延伸段政务服务中心二楼的住建局窗口。

在办理时，您需要准备以下材料：

1. 土地使用权变更登记手续证明（政府部门核发，1份）；
2. 房地产开发项目转让合同（申请人自备，1份）。

请注意，办理时间和办理形式可能会因地区而异，有的地方支持窗口办理、网上办理或快递申请。因此，在办理前，建议您先咨询当地房地产开发主管部门或政务服务中心，了解具体的办理流程、所需材料和办理时间。

如果您转让的不是房地产开发项目，而是其他类型的合同，如企业资产转让合同、债权转让合同等，那么办理部门和所需材料可能会有所不同。在这种情况下，建议您咨询相关法律专业人士或当地相关部门，以确定具体的办理流程和所需材料。