不起诉案件是否会有案底，取决于不起诉的具体类型。

1. 法定不起诉：

   • 在法定不起诉的情形中，如果犯罪嫌疑人根本不构成犯罪，或者依法不应被追究刑事责任（如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等），那么不会留下案底。因为这种情况下，犯罪嫌疑人被视为无罪。

2. 酌定不起诉（相对不起诉）：

   • 酌定不起诉是指犯罪嫌疑人的犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的。虽然检察院作出了不起诉决定，但前提是犯罪嫌疑人的行为已经构成犯罪，只是因情节轻微而未被起诉。因此，理论上可能会留有案底。不过，目前部分地区对于符合特定条件的酌定不起诉案件，会探索进行案底封存等特殊处理方式，以减少对当事人的不利影响。

3. 证据不足不起诉：

   • 证据不足不起诉是指对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的。这种情况下，并不等同于犯罪嫌疑人无罪，只是基于现有证据无法达到起诉的标准。如果后续发现新证据，仍然有可能对犯罪嫌疑人进行起诉。因此，在证据不足不起诉的情况下，也不能完全确定不会留下案底。

综上所述，不起诉案件是否会有案底，需要根据不起诉的具体类型以及案情来具体分析。如果你对此类问题有进一步的疑问或需要更详细的法律咨询，可以直接向我提问。