做亲子鉴定样本时，通常会进行性别对比，但这并不是亲子鉴定的主要目的。下面我来详细解释一下这个问题：

亲子鉴定主要是通过比对被鉴定人（如孩子和疑似父母）的遗传物质（如DNA）来确定他们之间是否存在亲子关系。在这个过程中，性别信息的对比并不是主要的鉴定依据，因为亲子关系的确定依赖于更具体的遗传标记比对。

然而，在亲子鉴定的样本处理阶段，实验室可能会进行性别鉴定，这主要是出于样本管理和质量控制的目的。例如，确保提交的样本与被鉴定人的性别信息一致，以避免因样本混淆或错误而导致的鉴定结果不准确。但这种性别对比并不直接用于判断亲子关系。

总的来说，虽然亲子鉴定过程中可能会涉及到性别信息的对比，但这并不是判断亲子关系的主要依据。亲子关系的确定依赖于更精细、更具体的遗传物质比对分析。如果你对亲子鉴定有更具体的问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。