当遇到被告人住所地不明的情况时，可以按照以下方法处理：
首先，对于自然人被告：
若被告为自然人，且其经常居住地与住所地不一致，那么应以经常居住地作为住所。这里的“经常居住地”是指公民离开住所地，至起诉时已经连续居住一年以上的地方，但公民住院就医的地方除外。例如，如果小李离开户籍所在地，在另一个城市工作生活了两年，那么这个城市的居住地址就是他在诉讼中的住所地。
若无法直接确定被告的自然人身份或其经常居住地，原告可以尝试向其近亲属、工作单位询问，或者从公安机关获取其户籍登记地址。
其次，对于法人或其他组织被告：
若是法人或其他组织，其住所通常为主要办事机构所在地。若主要办事机构所在地难以确定，则以注册地或者登记地为住所。例如，某公司的主要办事机构搬迁后地址不明，此时就可以用其注册地址作为住所地。
原告也可以通过国家企业信用信息公示系统来查询法人或非法人组织的登记注册地址。
最后，对于无法确定住所地的情况：
如果经过多种途径都无法确定被告的住所地，当事人可以向受理案件的法院提出申请。
法院会依职权进一步调查核实，通过各种渠道查找被告准确的住所地，以此保障诉讼程序的顺利开展，并维护当事人的合法权益。
在起诉时，若原告确实不知被告的确切地址，可向法院说明情况，并提供尽量详细的足以使被告与他人相区别的信息，如姓名、身份证号、大致工作或生活区域等。
法院在受理案件后，会采用多种送达方式，如直接送达、邮寄送达等。若通过上述方式无法送达，法院会进行公告送达。公告期一般为60日，公告期满视为送达，之后案件将继续按照法定程序进行审理。
综上所述，即使遇到被告人住所地不明的情况，也不必过于担心。通过上述方法，通常可以找到解决途径，并确保诉讼程序的正常进行。