民事案件双方当事人申请庭外和解的时间并不是固定的三个月。实际上，庭外和解并没有严格的时间限制，但最长期限大致为六个月。这是因为我国法律规定适用普通程序审理的案件，应当在立案之日起六个月内审结。因此，申请庭外和解的期限通常应在这个时间范围内进行。

具体来说，庭外调解是指当事人不经过开庭审理，双方达成调解协议的一种和解方式。如果案件已经起诉到人民法院，那么庭外和解应该在民事判决之前进行。一旦和解达成，原告方可以向人民法院申请撤诉。

需要注意的是，庭外和解期限并不记入审理期限。这意味着，即使双方进行了长时间的庭外和解，也不会影响案件的审理进度。但如果和解未能达成，案件将继续按照法定程序进行审理。

总之，民事案件双方当事人申请庭外和解的时间并不是固定的三个月，而是根据案件的实际情况和法律规定来确定的。如果有需要，双方可以在法律规定的范围内进行协商，并尽快达成和解协议。