民事案件已经再审且检察院抗诉后，院长发现程序一般不再适用。以下是详细分析：

在民事诉讼程序中，再审是一种特殊的救济程序，用于纠正已经发生法律效力的判决、裁定中的错误。而检察院抗诉则是检察院对法院已经发生法律效力的判决、裁定，发现有错误时，依法向法院提出重新审理的要求。

1. 再审程序的启动：

   • 再审程序可以由当事人申请启动，也可以由法院院长发现启动，还可以由检察院抗诉启动。
   • 当事人申请再审和检察院抗诉再审，都需要符合法定的再审事由，如有新的证据、原判决适用法律错误等。

2. 检察院抗诉的效力：

   • 检察院抗诉一旦提出，法院必须接受并重新审理该案件。
   • 抗诉再审的程序与一审、二审程序相似，但更加注重对原判决、裁定的审查。

3. 院长发现程序的适用：

   • 院长发现程序是指法院院长在本院已经发生法律效力的判决、裁定中，发现确有错误，认为需要再审的，应当提交审判委员会讨论决定。
   • 然而，在已经经过再审或者检察院抗诉再审的案件中，院长发现程序一般不再适用。因为再审程序本身就是对原判决、裁定的再次审查，如果再次启动院长发现程序，将可能导致诉讼程序的无限循环，不利于诉讼效率的提高和当事人权益的保护。

4. 结论：

   • 因此，在民事案件已经再审且检察院抗诉的情况下，院长发现程序一般不再适用。如果当事人认为再审判决仍然有误，可以通过其他合法途径寻求救济，如向上级法院申诉等。

综上所述，民事案件在已经再审且检察院抗诉后，院长发现程序通常不再适用。这是为了维护诉讼程序的稳定性和效率性，避免诉讼程序的无限循环。如果当事人对再审判决有异议，应通过其他合法途径寻求救济。