首先，针对您的问题“甲方有5个股东，大部分人同意签协议有效吗”，我需要明确一点：在公司决策中，尤其是涉及合同签订这样重大事项时，并非简单地以“大部分人同意”作为判断协议是否有效的标准。下面我将从几个角度详细分析这个问题：

1. 公司章程的规定：

   • 公司章程是公司的基本法律文件，它规定了公司内部的决策机制、股东权利与义务等。
   • 如果公司章程中明确规定了签订某类协议需要特定比例（如超过三分之二、半数以上等）的股东同意，那么只有达到这个比例，协议才可能被视为有效。

2. 股东会决议：

   • 对于重大事项，如合同签订，通常需要召开股东会进行表决。
   • 股东会决议的效力取决于是否按照公司章程规定的程序进行，以及是否达到了必要的表决比例。

3. 合同法的相关规定：

   • 根据合同法，合同的成立需要双方意思表示一致，并且不违反法律、行政法规的强制性规定。
   • 在公司签订协议的情况下，如果协议内容合法，且代表公司签字的人有权代表公司（如法定代表人或经授权的代理人），那么协议通常是有效的。

4. 特殊情况：

   • 如果存在股东之间的特殊约定，如某些股东享有否决权或特殊表决权，那么即使大部分人同意，也可能因为特殊约定的存在而导致协议无效。
   • 另外，如果协议涉及的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了公司、其他股东或第三人的合法权益，那么即使所有人同意，协议也是无效的。

综上所述，判断“大部分人同意签协议是否有效”并不能简单地给出一个肯定的答案。而是需要根据公司章程、股东会决议、合同法的相关规定以及可能存在的特殊情况来综合判断。因此，我建议您在签订任何协议之前，务必仔细审查公司章程、咨询专业律师（比如我），并确保所有必要的决策程序都得到遵守，以保障协议的合法性和有效性。