不算诈骗，一般属于合同关系。但如果涉及到以非法占有为目的，采用虚构事实或隐瞒真相的手法获取财物的行为，则有可能构成诈骗罪。具体分析如下：
一般情况：在合作经营中，如果一方将钱款借给另一方，并写了欠条，且已经偿还了部分欠款，这通常被视为双方之间的合同关系，即借贷关系。在这种情况下，由于存在明确的借款和还款行为，且没有虚构事实或隐瞒真相的意图，因此不构成诈骗。
特殊情况：然而，如果借款方在借款时就有非法占有的目的，比如虚构借款用途、隐瞒还款能力等，以骗取对方的财物，那么这种行为就有可能构成诈骗罪。即使后来借款方偿还了部分欠款，也不能排除其诈骗的嫌疑。
综上所述，合作经营中一方将钱款借给另一方并写了欠条，且已经偿还了部分欠款，一般不算诈骗，而是属于合同关系。但如果涉及到以非法占有为目的的虚构事实或隐瞒真相的行为，则有可能构成诈骗罪。如果您对此类问题存在疑虑或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。