公司增资由股东会直接决策，在特定情况下是有效的。具体分析如下：

1. 一般情况下的决策流程：

   • 根据《公司法》的相关规定，公司增资通常需由董事会制定增资方案，然后提交股东会审议并作出决议。
   • 董事会作为公司的执行机构，负责制定公司的重大经营决策，包括增资方案。
   • 股东会作为公司的权力机构，对董事会的提案进行审议并作出最终决策。

2. 特殊情况下的直接决策：

   • 如果公司章程或股东之间的协议有特别约定，允许在特定情况下由股东会直接决策增资事宜，那么这种决策方式是有效的。
   • 例如，章程或协议可能规定，在董事会无法履行职责或特定紧急情况下，股东会可以直接作出增资决策。

3. 法律后果与风险：

   • 如果公司增资未经董事会制定方案而直接由股东会决策，且该决策违反了公司章程或相关法律法规，那么该决策可能会被视为无效。
   • 这种情况下，公司可能会面临法律纠纷、行政处罚等风险，甚至可能导致增资行为被撤销或宣告无效。

4. 建议：

   • 在进行公司增资时，建议严格按照公司章程和法律法规的规定执行，确保决策流程的合法性和有效性。
   • 如果确实存在特殊情况需要由股东会直接决策，应确保该决策符合公司章程或股东之间的特别约定，并尽可能避免法律风险。

综上所述，公司增资由股东会直接决策在特定情况下是有效的，但应严格遵守公司章程和法律法规的规定，确保决策流程的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。