当财政部、建设部的办法与合同约定发生冲突时，我们首先需要明确的是，这两者属于不同层级的法律规范，其适用原则和效力等级也有所不同。一般来说，在发生冲突时，应优先执行合同约定，但前提是该约定不违反法律、行政法规的强制性规定。以下是对这一结论的详细解释：
合同约定的优先性：
- 合同是当事人之间基于平等、自愿原则订立的，对双方具有法律约束力。
- 在没有违法违规的情况下，合同约定的内容应得到尊重和执行。
部门规章的效力：
- 财政部、建设部的办法通常属于部门规章，其效力低于法律、行政法规。
- 部门规章在特定领域内具有指导意义，但当与合同约定发生冲突时，若合同内容合法，则应以合同约定为准。
法律、行政法规的强制性规定：
- 如果合同约定的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该约定将无效。
- 在这种情况下，应优先执行法律、行政法规的相关规定。
特殊情况的处理：
- 如果部门规章中有特别规定，且该规定对合同双方具有直接约束力（如某些特定的行政许可、备案要求等），则这些特别规定也可能需要得到遵守。
- 但这种遵守并不改变合同约定在一般情况下的优先性。
综上所述，当财政部、建设部的办法与合同约定发生冲突时，我们应在确保合同内容合法的前提下，优先执行合同约定。如果合同内容存在违法违规情况，则应按照法律、行政法规的相关规定进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。