在双方正在协商调解协议但法院已经作出判决的情况下，我们需要根据具体情况来分析和应对。以下是我给出的详细解答：

1. 判决效力与调解协议的关系：

   • 法院判决一旦作出，即具有法律效力，必须履行。如果判决与正在协商的调解协议内容存在冲突，原则上应以判决为准。
   • 调解协议是双方自愿达成的，如果协议内容未违反法律强制性规定，且双方均同意按照协议履行，那么协议在双方之间具有约束力。但协议不能对抗已经生效的法院判决。

2. 应对策略：

   • 分析判决内容：首先，要仔细分析法院判决的具体内容，包括判决结果、履行期限、违约责任等，确保对判决有全面、准确的理解。
   • 评估调解协议：接着，评估正在协商的调解协议与判决的契合度。如果协议内容与判决不冲突，可以继续协商并达成最终协议；如果冲突，则需要考虑如何调整协议内容以符合判决要求。
   • 履行判决：无论调解协议是否达成，都应优先履行法院判决。如果判决要求履行特定义务或支付特定款项，应按时、足额履行，以避免产生不必要的法律责任。
   • 沟通协商：在履行判决的同时，可以与对方继续沟通协商，寻求在判决框架内达成更具体的调解方案。这有助于缓解双方矛盾，促进和谐解决纠纷。

3. 法律建议：

   • 在处理此类情况时，建议咨询专业律师（如本人），以确保你的权益得到充分保护。
   • 如果判决内容存在错误或不当之处，可以考虑在法定期限内提起上诉或申请再审，以维护自己的合法权益。

综上所述，当双方正在协商调解协议但法院已经作出判决时，应优先履行法院判决，并根据判决内容调整调解协议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。