与分公司负责人签了协议，钱转给分公司负责人微信，合同是否有效，取决于多个因素。下面我将从不同角度为您详细分析：

1. 分公司负责人的缔约能力：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第七十四条，如果分公司依法领取了营业执照，那么分公司负责人在其职权范围内代表分公司签订的合同，通常具有法律效力。
   • 如果分公司未领取营业执照，则不具备独立从事民事活动的资格，此时分公司负责人签订合同的行为可能构成无权代理，需要总公司事后追认合同才有效。

2. 合同内容的合法性：

   • 合同内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，不得损害国家利益、社会公共利益或恶意串通损害他人合法权益，否则合同无效。

3. 钱款支付方式的影响：

   • 将钱款通过微信转账给分公司负责人个人，而不是直接支付给分公司或按照合同约定的支付方式支付，可能引发关于资金流向、合同履行和财务合规性的问题。
   • 如果这种支付方式违反了合同中的明确约定，或者违反了公司的财务管理制度，那么可能会影响到合同的效力或导致合同违约。

4. 表见代理的效力：

   • 如果分公司负责人超越了总公司授予的权限签订合同，但相对人有合理理由相信其有代理权（如总公司曾多次认可类似行为或负责人持有相关授权文件），根据《民法典》第一百七十二条，该代理行为仍然有效。

综上所述，与分公司负责人签订的合同是否有效，需要综合考虑分公司的营业执照情况、负责人的代理权限、合同内容的合法性以及钱款支付方式等多个因素。为了确保合同的效力和合法性，建议在签订合同前仔细核实分公司的信息、确认负责人的权限、审查合同内容，并按照合同约定的支付方式进行支付。如果您对合同的具体条款或效力存在疑问，欢迎随时向我咨询，我会为您提供更详细的法律分析和建议。