对于格子铺办理房产证是否合法的问题，不能一概而论，这需要根据具体情况来判断。

首先，如果格子铺是在合法的建筑内进行划分，并且已经办理了相应的产权登记，取得了房产证，那么其在法律上是合法的。这意味着该格子铺的产权得到了法律的保护，产权人可以依法享有对该格子铺的占有、使用、收益和处分的权利。

然而，如果格子铺是在未经规划、审批的违法建筑上设立，即使其拥有房产证，也会因建筑本身的违法性而导致格子铺的合法性存在问题。在这种情况下，尽管有房产证，但格子铺的产权可能会受到法律的质疑或限制。

此外，还需要考虑土地使用性质等因素。如果土地用途规定不得用于商业经营格子铺，那么即使该格子铺拥有房产证，也可能因违反土地使用规定而不被法律认可。

另外，对于虚拟格子铺来说，其办理房产证的合法性则更加复杂。由于虚拟格子铺更多是一种基于互联网或特定商业模式的空间划分概念，并非传统意义上的建筑物，因此其能否办理房产证需要根据相关法律法规和实际情况进行判断。如果虚拟格子铺所在的场所具有合法产权，且格子铺的划分及使用符合相关规划和管理规定，并经过了合法的程序和审批，那么在某些情况下可能可以办理房产证。但如果存在产权纠纷、规划违规等问题，则办理房产证可能不被允许。

综上所述，格子铺办理房产证是否合法需要根据具体情况来判断，包括建筑本身的合法性、土地使用性质以及是否存在产权纠纷等因素。如果您对格子铺的产权问题有疑问，建议咨询专业的法律人士或相关机构以获取准确的法律意见。