基层法律服务所拒不整改是可以进行警告处罚的。具体分析如下：

根据《基层法律服务所管理办法》的相关规定，基层法律服务所在执业过程中，若存在违法违规行为，包括内部管理混乱且无法正常开展业务，拒不整改或整改不符合要求等情形，将由所在地县级司法行政机关或者直辖市的区（县）司法行政机关予以警告。此外，若有违法所得，还可能依法没收违法所得，并由设区的市级或者直辖市的区（县）司法行政机关处以违法所得三倍以下的罚款，罚款数额最高为三万元。

因此，基层法律服务所应当严格遵守相关法律法规和规章，确保执业行为的合法性和规范性。若面临整改要求，应及时、有效地进行整改，以避免可能的警告处罚及其他更严重的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。