“隐形加班第一案”主要是依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定进行判决的。具体分析如下：
一. 法律依据
《中华人民共和国劳动法》第三十九条：企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。本案中，虽然双方在合同中约定实行“不定时工作制”，但公司未进行“不定时工作制”审批，因此该约定不能作为判断加班的依据。
劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》：该办法规定了企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制必须经劳动保障部门审批。由于公司未进行审批，所以其主张的不定时工作制不成立。
“隐形加班”的认定标准：在本案中，法院明确将“付出实质性劳动”和“明显占用时间”作为线上“隐形加班”的认定标准。这意味着，如果劳动者在非工作时间使用社交软件开展工作超出了一般简单工作沟通的范畴，且该工作具有周期性和固定性特点，明显占用了劳动者休息时间，则应当认定为加班。
二. 案例应用
在“隐形加班第一案”中，二审法院根据上述法律法规和认定标准，综合考虑了劳动者李某某的加班频率、时长、内容及其薪资标准，最终酌定公司应支付李某某加班费3万元。这一判决体现了法院对劳动者“离线休息权”的保护，以及对“隐形加班”问题的重视。
综上所述，“隐形加班第一案”主要是依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，结合“隐形加班”的认定标准进行的判决。这一案例对于保护劳动者的合法权益，特别是“离线休息权”，具有重大意义。