分公司若不具备相应资质和符合条件的项目经理，则不能办理施工许可证，此情况下不合法。具体分析如下：

一. 分公司办理施工许可证的合法性取决于其是否具备相应资质

• 根据深圳市南山区住房和建设局的答复，若分公司没有相应的资质和符合条件的项目经理，则无法选择相应的资质和项目经理，从而无法办理施工许可证。这表明，分公司办理施工许可证的前提是必须具备相应的施工资质和符合条件的项目经理。

二. 法律依据与实际操作

• 虽然《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规并未直接规定分公司不能办理施工许可证，但实际操作中，施工许可证的办理是与施工单位的资质紧密挂钩的。分公司作为总公司的分支机构，若未获得总公司的授权和相应资质，是无法独立办理施工许可证的。
• 在您提供的公域知识中，也明确指出了由于分公司没有相应的资质和符合条件的项目经理，因此无法办理施工许可证。这进一步印证了分公司办理施工许可证的合法性取决于其是否具备相应资质。

三. 结论与建议

• 我的观点：分公司若不具备相应资质和符合条件的项目经理，则不能办理施工许可证，此情况下属于不合法行为。因此，在申领施工许可证时，应确保施工单位具备相应的资质和条件。
• 如有进一步需要，您可以继续咨询我关于施工许可证办理、资质申请等相关法律问题。