中小企业工程款保护主要依据《保障中小企业款项支付条例》进行。下面我将详细解析相关规定：

一. 支付保障

1. 机关、事业单位和大型企业不得违约拖欠中小企业的款项。根据《保障中小企业款项支付条例》第三条，中小企业与机关、事业单位、大型企业订立合同时，应当主动告知其属于中小企业。机关、事业单位和大型企业应当依照国家规定和合同约定，及时、足额地向中小企业支付款项，不得违约拖欠。

二. 支付期限

1. 合同约定的付款期限最长不得超过60日。根据《保障中小企业款项支付条例》第十二条，机关、事业单位从中小企业采购货物、工程、服务，应当自货物、工程、服务交付之日起30日内支付款项；合同另有约定的，付款期限最长不得超过60日。
2. 大型企业支付中小企业款项的期限。大型企业与中小企业约定以货物、工程、服务交付后或者验收合格为付款条件的，付款期限应当自货物、工程、服务交付之日起或者验收合格之日起30日内；合同另有约定的，付款期限最长不得超过60日。

三. 禁止行为

1. 不得强制要求中小企业接受不合理的付款期限、方式等交易条件。根据《保障中小企业款项支付条例》第九条，机关、事业单位和大型企业不得强制要求中小企业接受不合理的付款期限、方式、条件和违约责任等交易条件，不得违约拖欠中小企业的货物、工程、服务款项。

四. 投诉与监督

1. 中小企业有权向相关部门投诉。根据《保障中小企业款项支付条例》第十六条，中小企业对机关、事业单位和大型企业拒绝或者迟延支付货物、工程、服务款项等行为，有权向有关部门投诉。
2. 相关部门应依法处理投诉。受理投诉的部门应当按照“属地管理、分级负责，谁主管谁负责”的原则，及时转办，依法处理。

综上所述，中小企业工程款保护的规定主要体现在《保障中小企业款项支付条例》中，该条例从支付保障、支付期限、禁止行为以及投诉与监督等方面为中小企业提供了全面的保护。我建议中小企业在签订合同时，应明确付款条款，确保自身权益得到保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。