员工合同丢了，依然可以申请劳动仲裁。劳动仲裁的关键在于确认劳动关系及处理相关权益纠纷，即便合同丢失，只要你能提供其他能够证明劳动关系存在的证据，如工资条、考勤记录、工作邮件、社保缴纳记录等，就可能满足劳动仲裁的受理条件。

具体来说，你可以通过以下方式来证明劳动关系：

1. 工资支付记录：如银行流水等，能证明双方存在劳动关系及劳动报酬情况。
2. 工作证、服务证等身份证明：这些证件可直接表明你与单位的从属关系。
3. 招工招聘登记表、报名表等招用记录：这些可作为你的入职依据。
4. 考勤记录：如打卡记录、考勤表，能反映你的出勤情况。
5. 其他劳动者的证言：证人证言可从侧面证明劳动关系及相关纠纷事实。

在申请劳动仲裁时，你需要提交仲裁申请书，写明请求事项、事实和理由，并附上上述相关证据。劳动仲裁机构会根据你提交的证据和具体情况进行审查和判断，若证据充分且确有劳动争议存在，会依法受理并进行仲裁。

因此，即便劳动合同丢失，只要能提供其他有效证据，你依然可以依法向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，维护自身合法权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。