事业员工迟到扣工资是否合法，主要取决于单位规章制度的制定程序是否合法、扣工资额度是否合理，以及是否存在特殊情况等因素。具体分析如下：

1. 规章制度制定与合法性：

   • 事业单位在制定涉及员工迟到扣工资的规章制度时，必须确保规章制度的合法性。这包括规章制度的制定程序要合法，即需经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度的内容也要合法，不能违反国家法律法规的强制性规定。例如，《中华人民共和国劳动法》第四十三条规定，用人单位不得无故克扣劳动者的工资。

2. 扣工资额度的合理性：

   • 扣罚金额应合理，并符合《工资支付暂行规定》中关于扣除比例和最低工资标准的限制。具体来说，扣除的工资部分不能超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

3. 特殊情况的考虑：

   • 事业单位在执行迟到扣工资时，还应考虑特殊情况。例如，员工因不可抗力（如自然灾害、突发疾病等）导致迟到，事业单位应合理考虑并不予扣工资或给予适当的宽容。

4. 法律依据：

   • 除了《中华人民共和国劳动法》第四十三条外，《工资支付暂行规定》第十五条和第十六条也提供了相关法律依据。这些条款规定了用人单位在特定情况下可以代扣劳动者工资的情形，以及因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失时的赔偿方式。

综上所述，事业员工迟到扣工资是否合法，需要综合考虑规章制度的制定程序、扣工资额度的合理性以及是否存在特殊情况等因素。事业单位在执行相关规章制度时，应严格遵守法律法规的要求，确保员工的合法权益得到充分保障。如有进一步需要，您可以继续咨询我。