在交通事故中使用救助资金进行双方调解时，确实需要通知提供救助资金的机构或组织。

首先，从法律角度来看，救助资金通常是由特定的机构或组织（如道路交通事故社会救助基金）提供的，用于垫付交通事故中受害人的抢救费用、丧葬费用等。这些资金并非无偿提供，而是需要在后续通过法律程序进行追偿。因此，在使用这些资金进行调解时，必须通知提供资金的机构或组织，以确保其权益得到保障。

其次，通知提供救助资金的机构或组织也是透明度和公正性的体现。调解过程应当公开、公正、公平，涉及资金的使用和分配更应当如此。通过通知机构或组织，可以让其了解资金的使用情况，避免产生不必要的误解和纠纷。

最后，从实际操作角度来看，通知提供救助资金的机构或组织也是必要的。因为这些机构或组织可能需要参与调解过程，以确保其资金得到合理使用和追偿。同时，它们还可以提供必要的法律支持和指导，帮助双方更好地解决纠纷。

综上所述，在交通事故中使用救助资金进行双方调解时，必须通知提供救助资金的机构或组织。这是法律的要求，也是透明度和公正性的体现，更是实际操作中的必要步骤。