旷工三天并不直接等同于自动离职，因此不能仅凭旷工三天就断定员工已经自动离职并进而决定是否进行离职体检。

一. 旷工与自动离职的关系

1. 无直接关联：旷工三天是否算自动离职，并非由法律直接规定，而是主要取决于用人单位的规章制度。若规章制度中明确规定旷工三天视为自动离职，并且该规定合法有效，那么旷工三天才可能被视为自动离职。但若无此规定，或规定不合法，则不能仅凭旷工三天就认定员工自动离职。

2. 需依据规章制度：用人单位在制定和执行规章制度时，应确保其合法性和有效性。对于旷工行为，用人单位应在规章制度中明确其后果，如是否视为自动离职、是否进行离职体检等。

二. 离职体检的适用条件

1. 依据规章制度或合同约定：离职体检通常是在员工离职时，根据用人单位的规章制度或劳动合同的约定进行的。若规章制度或合同中明确规定了离职体检的要求，那么员工在离职时应当进行体检。

2. 与旷工无直接联系：离职体检与旷工行为无直接联系。即使员工存在旷工行为，也不能直接决定其是否需要进行离职体检。是否进行离职体检应依据用人单位的规章制度或劳动合同的约定。

三. 实际操作建议

1. 查看规章制度：用人单位应首先查看自身的规章制度，明确旷工行为的后果以及离职体检的要求。

2. 沟通与了解：对于旷工的员工，用人单位应与其进行沟通，了解其旷工的原因，并根据规章制度进行处理。若员工确实存在严重违反规章制度的行为，且规章制度有明确规定，用人单位可依法单方面解除劳动合同。

3. 依法处理离职手续：若员工被认定为离职，用人单位应依法妥善处理相关手续，包括离职体检（如规章制度或合同有要求）。

综上所述，旷工三天并不直接等同于自动离职，也不能直接决定是否进行离职体检。用人单位应依据自身的规章制度和劳动合同的约定来处理旷工行为和离职体检问题。如有进一步需要，您可以继续咨询我。