公司逾期年报的处罚应主要依据《中华人民共和国公司法》的相关规定。

具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 《中华人民共和国公司法》第四十条规定了公司应当公示的信息，包括股东出资、股权变更等，并要求公司确保公示信息的真实、准确、完整。
   • 《中华人民共和国公司法》第二百五十一条则明确规定了公司未按规定公示信息或不如实公示信息的法律责任，即由公司登记机关责令改正，并可以处以罚款，情节严重的，罚款金额更高，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员也处以罚款。

2. 与《市场主体登记管理条例实施细则》的关系：

   • 虽然《市场主体登记管理条例实施细则》也规定了市场主体应当按时公示年度报告，并规定了未按时公示的处罚措施，但《公司法》作为法律，其效力高于作为行政法规的《市场主体登记管理条例实施细则》。
   • 当公司未按时年报时，应首先适用《公司法》的相关规定进行处罚。

3. 处罚措施：

   • 根据《公司法》第二百五十一条，公司未按规定公示信息或不如实公示信息的，将面临罚款的处罚，具体金额由公司登记机关根据实际情况决定。
   • 同时，公司还可能被列入经营异常名录，影响公司的信用评级和商业活动。

综上所述，公司逾期年报的处罚应主要依据《中华人民共和国公司法》的相关规定进行。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。