有限公司全体股东约定不按出资比例持有股权是合法的。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

法律解释

1. 股东意思自治：

   • 根据《公司法》的相关规定，有限责任公司的股东享有较高的意思自治权。股东之间可以约定不按实际出资比例持有股权，这是股东内部对各自权益的自主安排，属于公司股东意思自治的范畴。

2. 不影响公司资本功能：

   • 股东出资比例与持股比例不一致的约定，在注册资本符合法定要求的情况下，并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能的实现。因此，法律并不禁止这样的约定。

3. 约定有效性：

   • 股东之间关于不按出资比例持有股权的约定，应当是各方当事人的真实意思表示，且未损害他人的利益，不违反法律和行政法规的规定。这样的约定应属有效，股东按照约定持有的股权应当受到法律的保护。

实践案例

在实际案例中，法院也支持了股东之间关于不按出资比例持有股权的约定。例如，在某股权确认纠纷案中，法院认为股东内部对各自的实际出资数额和占有股权比例做出约定，并不影响公司资本对公司债权担保等对外基本功能实现，应属于公司股东意思自治的范畴，认定股东的约定具有法律效力。

注意事项

虽然股东之间可以约定不按出资比例持有股权，但这样的约定应当经过全体股东的一致同意，并在公司章程或股东协议中明确约定。同时，股东在享受权利的同时，也应当履行相应的义务，确保公司的正常运营和债权人的合法权益不受损害。

综上所述，有限公司全体股东约定不按出资比例持有股权是合法的，但应当确保约定的合法性和有效性，并遵守相关法律法规的规定。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。