当土地被征用，且确权证与承包合同不一致时，处理此问题的方式主要依赖于具体情况和法律法规。以下是从多个角度给出的分析和建议：

1. 协商与调解：

   • 首先，建议与发包方或相关政府部门进行协商，尝试通过沟通解决不一致的问题。
   • 如果协商无果，可以考虑申请调解，由第三方介入帮助双方达成和解。

2. 法律途径：

   • 若协商和调解均未能解决问题，可以依法提起诉讼，请求法院对确权证与承包合同的不一致进行裁决。
   • 在诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的主张，包括确权证、承包合同、相关政策文件等。

3. 具体处理原则：

   • 根据《土地管理法》等相关法律法规，土地确权和承包证的发放应遵循一定的程序和规定。如果发现确权证与承包合同存在不一致，应首先确认哪份文件更符合法律法规和实际情况。
   • 如果确权证是后来颁发的，且符合当前的法律法规和政策要求，那么可能会以确权证为准。但如果承包合同中有明确且合法的条款与确权证相冲突，也需要考虑承包合同的法律效力。
   • 在处理过程中，还需要注意土地所有权和使用权与行政管辖权的关系、与特殊区域内部门管理权的关系、土地权属与规划区的关系等。

4. 申请异议处理：

   • 如果对确权结果有异议，可以向相关部门申请异议处理，要求重新审查并确认土地权属。

5. 后续建议：

   • 无论采取哪种方式处理，都建议保留好所有相关的证据和文件，以备不时之需。
   • 同时，也可以考虑咨询专业的律师或法律机构，获取更具体的法律建议和支持。

综上所述，处理土地被征用且确权证与承包合同不一致的问题，需要综合考虑多种因素和法律法规。建议根据实际情况选择合适的处理方式，并寻求专业的法律支持。