针对您提出的“房屋拆迁补偿安置协议签了几年发现当时补偿标准用的作废文件怎么办”的问题，以下是我的分析：

首先，该情况确实可能构成协议瑕疵，影响协议的合法性和有效性。具体处理方式如下：

1. 审查协议内容：

   • 仔细审查拆迁补偿安置协议的具体条款，特别是关于补偿标准的部分，确认是否确实引用了已经作废的文件。
   • 检查协议中是否有其他条款对补偿标准进行了明确或补充，以及是否有关于协议变更或解除的约定。

2. 评估法律后果：

   • 如果确认协议中的补偿标准确实基于作废文件，那么该部分条款可能无效或可撤销。
   • 需要进一步评估这种无效或可撤销状态对整个协议的影响，以及是否可能导致协议部分或全部无效。

3. 与拆迁方协商：

   • 在发现这一问题后，应及时与拆迁方（通常是政府或相关机构）进行沟通，提出协议中存在的问题，并寻求解决方案。
   • 可以尝试协商修改协议，按照现行有效的补偿标准进行重新约定，或者协商其他合理的补偿方式。

4. 寻求法律救济：

   • 如果与拆迁方协商无果，或者认为自己的权益受到了严重损害，可以考虑通过法律途径寻求救济。
   • 可以向当地人民法院提起诉讼，请求确认协议中相关条款的无效或可撤销，并要求拆迁方按照现行标准或合理标准进行补偿。

5. 保留证据和维权：

   • 在整个过程中，应妥善保留所有与拆迁补偿相关的证据，包括协议原件、作废文件的证明、与拆迁方的沟通记录等。
   • 如果需要提起诉讼，这些证据将对维护自己的合法权益起到关键作用。

综上所述，发现房屋拆迁补偿安置协议中使用了作废的补偿标准文件是一个严重的问题，需要及时采取措施进行处理。您可以通过审查协议内容、评估法律后果、与拆迁方协商、寻求法律救济以及保留证据和维权等方式来维护自己的合法权益。如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询。