关于“在不同城市虚开发票会处理几次”的问题，首先需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，其处理次数并不是由城市数量来决定的，而是依据违法行为的性质、情节以及相关法律法规的规定来判定。

从您提供的参考信息中，我们可以看到呼伦贝尔市黑骏马酒店连锁管理有限公司因为取得了虚开的发票并用于税前扣除，被国家税务总局呼伦贝尔市海拉尔区税务局处以了罚款。这一处罚是基于该公司多次取得不符合规定的发票，并且这些发票被用于了税前扣除等违法行为。

在处理虚开发票的问题上，税务机关会依据相关法律法规，如《企业所得税税前扣除凭证管理办法》、《中华人民共和国发票管理办法》等，对违法行为进行查处。如果企业在多个城市都存在虚开发票的行为，并且这些行为都被税务机关查处，那么企业可能会面临多次的处罚。

然而，具体的处理次数和处罚力度会由税务机关根据违法行为的严重程度、企业的整改情况以及其他相关因素来综合判定。因此，无法简单地根据城市数量来确定虚开发票会被处理几次。

总的来说，企业应该严格遵守相关法律法规，避免虚开发票等违法行为的发生。如果企业存在这样的行为，应该积极配合税务机关的调查和处理，并采取相应的整改措施，以避免进一步的法律风险和损失。