准许撤回国家赔偿申请的理由主要基于以下几点：

1. 同一案件的新情况：

   • 根据《人民检察院国家赔偿工作规定》第46条，如果人民检察院在办理本院为赔偿义务机关的案件时或者作出赔偿决定以后，对于撤销案件、不起诉案件或者人民法院宣告无罪的案件，重新立案侦查、提起公诉、提出抗诉，并经人民法院终审判决有罪的，那么已作出的赔偿决定应当予以撤销。这是因为同一案件出现了新的法律事实，导致原先的赔偿基础不再存在。

2. 赔偿事实基础的变化：

   • 如果引发赔偿的事实基础发生变化，例如原赔偿决定是基于某一犯罪事实而作出的，但后来该犯罪事实被证明不存在或者与赔偿请求人无直接关联，那么赔偿决定也可能被撤回。这是因为赔偿的决定必须基于确实存在的法律事实和损害结果。

3. 法律程序的正当性：

   • 在法律程序中，如果发现原赔偿决定存在程序上的错误或者瑕疵，比如未按照法定程序进行审查、决定，或者未充分听取赔偿请求人的意见等，那么为了维护法律程序的正当性和公正性，也可能准许撤回原赔偿决定。

4. 赔偿请求人的自愿撤回：

   • 如果赔偿请求人自愿撤回赔偿申请，并且这种撤回不违反法律、法规的强制性规定，也不损害国家、集体或者他人的合法权益，那么应当准许撤回赔偿申请。这是尊重赔偿请求人处分自己权利的表现。

需要注意的是，撤回国家赔偿申请并不是随意的，必须严格依法进行，并确保赔偿请求人的合法权益得到充分保障。如果赔偿请求人对撤回决定有异议，可以依法提出申诉或者复议。