针对“分居证明是假的，被告怎么处理”这一问题，首先我们要明确的是，分居证明在离婚纠纷中往往作为证明夫妻感情是否确已破裂、是否已实际分居等事实的证据。如果发现分居证明是假的，被告可以采取以下措施：

1. 提出证据质疑：

   • 在法庭上，被告有权对原告提交的所有证据进行质证。如果发现分居证明存在伪造、篡改等不实情况，被告应当明确指出，并要求法庭对该证据不予采信。
   • 被告可以提供相反的证据，如证人证言、居住记录、通讯记录等，以证明分居证明的不真实性。

2. 申请法庭调查：

   • 如果被告有合理理由怀疑分居证明的真实性，但无法直接提供反证，可以向法庭申请进行调查。法庭可能会依职权或根据被告的申请，对分居证明的真实性进行核实。

3. 阐述法律后果：

   • 提交虚假证据是违法行为，不仅可能导致该证据不被采信，还可能对提交虚假证据的一方产生不利的法律后果，如被追究法律责任、影响诉讼结果等。
   • 被告可以在法庭上强调这一点，以警示原告，并维护自己的合法权益。

4. 保持冷静，寻求专业帮助：

   • 面对虚假证据，被告应保持冷静，不要被情绪左右。可以寻求专业律师的帮助，共同分析案情，制定应对策略。

综上所述，如果发现分居证明是假的，被告应当积极采取措施进行质证、申请调查，并阐述提交虚假证据的法律后果。同时，保持冷静，寻求专业律师的帮助，是维护自己合法权益的重要途径。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。