对非法种植毒品原植物的制止、铲除确实由乡镇负责。具体分析如下：

一. 法律依据明确乡镇责任

• 根据《中华人民共和国禁毒法》第十九条：“地方各级人民政府发现非法种植毒品原植物的，应当立即采取措施予以制止、铲除”。此条款明确规定了地方各级人民政府，包括乡镇人民政府，在发现非法种植毒品原植物时的制止和铲除责任。

二. 乡镇政府的具体职责

• 乡镇政府作为地方人民政府的一部分，有责任和义务执行国家法律法规，包括《中华人民共和国禁毒法》中关于制止和铲除非法种植毒品原植物的规定。
• 乡镇政府应当积极配合相关部门，如公安机关，共同开展禁种铲毒工作，确保本辖区内无非法种植毒品原植物的现象。

三. 实际执行中的体现

• 以武清区王庆坨镇人民政府为例，该政府在其行政强制事项中明确列出了“对非法种植毒品原植物的铲除”，并规定了具体的实施流程和管理权限，体现了乡镇政府在这一工作中的主体责任。
• 全州公安春季禁种铲毒行动也是一个实例，展现了乡镇政府与公安、村（居）民委员会等多部门联手，共同制止和铲除非法种植毒品原植物的工作机制。

综上所述，对非法种植毒品原植物的制止、铲除确实由乡镇负责。乡镇政府应当积极履行职责，配合相关部门共同打击非法种植毒品原植物的行为，维护社会安全和稳定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。