对于如何认定中标合同实质性内容，这是一个在招投标和合同履行过程中非常重要的问题。以下是对此问题的详细解答：

一、法律法规基础

首先，我们需要明确相关的法律法规基础。依据《招标投标法》第46条第1款规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同，且招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。《招标投标法实施条例》第57条第1款也作了类似规定，强调了合同的主要条款应当与招标文件和中标人的投标文件的内容一致。

二、实质性内容的定义

虽然法律法规中并未明确列出中标合同的“实质性内容”具体包括哪些，但通常可以参考《合同法》第30条的规定，即有关合同的标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、履行地点和方式、违约责任和争议解决方法等的变更，被视为对要约内容的实质性变更。在建设工程施工领域，这些要素通常被理解为工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等。

三、实质性内容变更的认定

在实际操作中，对于中标合同实质性内容变更的认定，可以从以下几个方面进行考虑：

1. 合同主体变更：

   • 如果中标后合同主体发生变更，例如A公司中标并签约，但合同履行过程中，A公司将工程转让给B公司，由B公司与发包人另行签订合同履约，这种变更通常被视为实质性内容变更。

2. 合同内容变更：

   • 如果合同的变更文件、补充协议等改变了原合同约定的变更范围，且没有经过批准或备案，或者新增了可变更的内容（如原合同中没有对特定项目、项目地点、承包方式、违约责任进行变更的约定，补充协议对此进行了约定），这些变更也可能被视为实质性内容变更。

3. 对合同目的有重大影响的变更：

   • 如果变更文件、补充协议等对实现合同目的有重大影响，例如改变了工程的价款、质量、工期等核心条款，且这些变更与招标文件和中标人的投标文件不一致，那么这些变更也很可能被视为实质性内容变更。

4. 法律法规的强制性规定：

   • 如果变更的内容违背了法律法规的强制性规定，如发包人同意承包人将主体部分分包给另一家施工单位，或者承包人仅中标了一期工程，但却施工了一、二期工程，且二期工程依法应另行招投标的，这些变更同样被视为实质性内容变更。

四、实际案例与司法解释

在实际案例中，法院通常会根据上述原则来认定中标合同的实质性内容变更。例如，《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释(一)》第2条就明确规定了招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致时，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民法院应予支持。

综上所述，对于中标合同实质性内容的认定，需要综合考虑法律法规的规定、合同的具体条款以及变更对合同目的的影响等多个方面。在实际操作中，建议各方当事人严格遵守法律法规的规定，确保合同的合法性和有效性。