工程款已经开发票入账，仍然受诉讼时效的限制。下面我将从几个方面详细解释这个问题：

1. 诉讼时效的基本概念：

   • 诉讼时效是指权利人在一定期间内不行使权利，即在某种程度上丧失请求利益的时效制度。
   • 在我国，诉讼时效制度主要适用于债权请求权，包括合同、侵权之债、无因管理之债、不当得利之债等。

2. 工程款与诉讼时效的关系：

   • 工程款作为一种债权，同样受诉讼时效的限制。
   • 即使工程款已经开发票并入账，如果债权人在诉讼时效期间内没有主张权利，仍然可能丧失胜诉权。

3. 发票入账对诉讼时效的影响：

   • 发票入账是财务处理的一部分，它记录了交易的发生和款项的支付情况。
   • 但发票入账并不等同于债权的实现，也不意味着诉讼时效的中断或延长。
   • 诉讼时效的中断通常需要通过债权人向债务人提出履行请求、债务人同意履行义务、债权人提起诉讼或申请仲裁等方式来实现。

4. 实际案例与法律建议：

   • 在实际案例中，有债权人因超过诉讼时效而丧失胜诉权的例子。
   • 因此，建议债权人在诉讼时效期间内积极主张权利，避免因超过时效而丧失法律保护。

5. 特殊情况的处理：

   • 如果存在特殊情况，如债务人下落不明、债权人因客观原因无法主张权利等，可能涉及诉讼时效的中止或延长。
   • 在这种情况下，建议债权人咨询专业律师，根据具体情况采取相应的法律措施。

综上所述，工程款已经开发票入账并不免除其受诉讼时效限制的情况。因此，债权人在处理工程款等债权时，应密切关注诉讼时效问题，确保在法定期间内主张权利。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。