首先，我们来澄清一下问题：你的姑姑敲诈勒索亲侄女1000万，但检察院查清以后认为与案件无关的遗产被扣押了，你想了解这种情况应该如何处理。

核心结论：如果检察院错误地扣押了与案件无关的遗产，你有权要求解除扣押，并可能通过法律途径寻求赔偿。

接下来，我们从几个角度详细分析这个问题：

1. 扣押的合法性：

   • 检察院在侦查过程中，有权对涉案财物进行扣押，但必须确保扣押的财物与案件有关。
   • 如果检察院查明某部分遗产与案件无关，应当立即解除扣押，并通知相关权利人。

2. 解除扣押的程序：

   • 你可以向检察院提出书面申请，要求解除对与案件无关遗产的扣押。
   • 申请中应明确说明被扣押遗产与案件无关的理由，并提供相关证据。
   • 检察院应当在收到申请后，及时进行审查，并作出是否解除扣押的决定。

3. 寻求赔偿的途径：

   • 如果检察院错误扣押遗产给你造成了损失，你有权要求赔偿。
   • 你可以与检察院协商解决赔偿事宜，也可以向法院提起诉讼，要求检察院承担赔偿责任。

4. 法律建议：

   • 在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以确保你的权益得到充分保护。
   • 保留好所有与扣押相关的证据和文件，以便在需要时提供证明。
   • 如果与检察院协商无果，不要犹豫，及时通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，如果检察院错误地扣押了与案件无关的遗产，你有权要求解除扣押，并可能通过法律途径寻求赔偿。在处理此类问题时，建议保持冷静，咨询专业律师，并保留好相关证据和文件。如果你有任何进一步的问题或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。