关于农业银行贷款逾期后能否协商只还本金的问题，这主要取决于具体的贷款合同条款以及银行的政策。以下是对这一问题的详细解答：

一、一般情况

在大多数情况下，银行贷款逾期后，借款人不能仅协商偿还本金。根据借款合同的明确约定，借款人不仅需要偿还本金，还需支付合同约定的利息以及因逾期而产生的罚息。这是因为利息是货币所有者因出借资金而获得的报酬，同时也是借款者使用资金必须支付的代价。罚息则是对逾期未还款行为的一种惩罚性措施。

二、特殊情况

尽管一般情况下不能协商只还本金，但在某些特殊情况下，如果借款人能够证明其确实存在还款困难，并且征得贷款机构（如农业银行）的同意，或许可以减免部分罚息，甚至达成新的还款协议。这些特殊情况可能包括但不限于：

• 借款人因不可抗力（如自然灾害、重大疾病等）导致还款能力严重受损。
• 借款人能够提供充分的证明材料，证明其经济状况确实无法承担全部债务。

三、协商建议

1. 主动沟通：借款人应在逾期后尽快主动与农业银行联系，说明逾期原因和经济状况，表达还款诚意。
2. 提供证明材料：提供如失业证明、疾病诊断证明等相关材料，以证明自己确实存在还款困难。
3. 制定合理方案：根据自身的经济状况，提出合理的还款方案，如分期偿还本金和利息等。
4. 寻求专业帮助：如果协商过程中遇到困难，可以考虑寻求律师或金融顾问的专业帮助。

四、法律后果

如果借款人未能与农业银行达成协商，并且逾期时间过长，农业银行可能会采取法律手段进行追讨，包括但不限于向法院提起诉讼、查封借款人的财产等。此外，贷款逾期还会对借款人的信用记录产生严重影响，可能导致其在未来一段时间内无法获得新的贷款或信用卡等金融服务。

综上所述，农业银行贷款逾期后能否协商只还本金并没有一个固定的答案。这主要取决于具体的贷款合同条款、银行的政策以及借款人的实际情况。因此，建议借款人在逾期后尽快与农业银行进行沟通协商，并寻求专业的法律和金融建议。