高速公路工程农民工工资的支付是一个涉及多方利益、需要严格规范的问题。以下是关于高速公路工程农民工工资支付的一般流程和规定：

一、支付责任主体

在高速公路工程中，农民工工资的支付责任主要由施工总承包单位承担。施工总承包单位应当负责支付其直接招用的农民工工资，并加强对分包单位支付农民工工资的监督和管理。

二、支付方式及时间

1. 按月预付，按季结清：根据部分地区（如安徽省）的相关规定，农民工工资应按月预付，按季结清。每月预付的工资不得低于当地最低工资标准，以确保农民工的基本生活需求。
2. 直接支付：施工企业应将工资直接支付给农民工本人，严禁通过其他不具备用工主体资格的组织或个人代发，以减少中间环节，确保工资及时、足额发放到农民工手中。

三、支付保障措施

1. 农民工工资专用账户：施工总承包单位应在银行开设农民工工资专用账户，用于存储和发放农民工工资。该账户应接受相关部门的监管，确保资金的安全和合规使用。
2. 工资保证金制度：施工总承包单位需按照相关规定预存工资保证金，专项用于保障农民工工资的支付。当施工企业拖欠农民工工资时，可从保证金中先予垫付，以保障农民工的合法权益。
3. 工程款支付担保：建设单位在与施工总承包单位签订施工合同时，应提供工程款支付担保，以确保工程款的及时支付，从而保障农民工工资的按时发放。

四、监督管理

1. 实名制管理：农民工入场作业前应与施工企业签订劳动合同，并进行实名制登记。通过实名制管理，可以确保农民工的身份信息真实有效，便于工资的发放和监管。
2. 公示制度：施工企业应定期公示农民工工资的支付情况，包括应发项目及实发数额、支付日期等，接受社会监督。同时，劳动合同的签订情况也应在工地公示，确保农民工的知情权。
3. 监督检查：相关部门应加强对施工企业的监督检查，确保农民工工资的支付符合规定。对于拖欠农民工工资的企业，应依法进行处罚，并记入信用记录，影响其市场准入和招投标资格。

综上所述，高速公路工程农民工工资的支付需要遵循一系列的规定和流程，以确保农民工的合法权益得到保障。施工总承包单位应切实履行支付责任，加强支付保障措施，并配合相关部门的监督管理，共同维护农民工的合法权益。