当化妆品企业在飞检（飞行检查）中被立案调查时，可能会面临一系列严重的后果和流程。以下是对此问题的详细解答：

一、飞检被立案调查的含义

飞检，即飞行检查，是监管部门对化妆品生产企业进行的一种突击性、不定期的监督检查。这种检查方式旨在确保企业遵守相关法律法规和生产质量管理规范，保障化妆品的安全性和有效性。当企业在飞检中被发现存在违规行为或产品质量问题时，监管部门会对其进行立案调查。

二、立案调查可能带来的后果

1. 行政处罚：

   • 根据违规的严重程度，企业可能会受到不同程度的行政处罚，如警告、罚款、没收违法所得等。例如，上述案例中，广州即尚化妆品有限公司因在飞检中被查出存在严重问题，被罚款3万元，并没收违法所得。

2. 产品召回与扣押：

   • 监管部门可能会要求企业召回存在问题的产品，并对召回情况进行监督。同时，还可能会扣押留样及召回产品，以防止问题产品流入市场。

3. 生产许可受限：

   • 在某些情况下，如果企业的违规行为严重，监管部门可能会暂停或吊销其生产许可证，导致企业无法继续生产。

4. 声誉损害：

   • 被立案调查的企业可能会面临声誉上的损害，这可能会影响其市场形象和客户信任度，进而对业务造成负面影响。

5. 法律诉讼：

   • 如果企业的违规行为导致了消费者损害或其他法律后果，还可能面临法律诉讼和赔偿。

三、应对立案调查的建议

1. 积极配合调查：

   • 企业应积极配合监管部门的调查工作，提供必要的文件和资料，并如实陈述事实。

2. 加强内部自查：

   • 企业应建立健全内部自查机制，定期对生产流程、质量控制、原料采购等方面进行自查，及时发现并纠正问题。

3. 提升法律意识：

   • 企业应加强对相关法律法规的学习和培训，提升员工的法律意识和合规意识。

4. 完善质量管理体系：

   • 企业应完善质量管理体系，确保生产流程规范、质量把控严谨，符合相关法律法规和生产质量管理规范的要求。

综上所述，化妆品企业在飞检中被立案调查可能会面临严重的后果。因此，企业应高度重视飞检工作，加强内部管理和自查自纠，确保生产合规、产品安全有效。